2009年12月9日，“重大新药创制”科技重大专项第二批课题任务合同书签订会在北京铁道大厦举行，除候选药物研究课题外，第二批400多项课题参加了此次现场签订会。

根据此前召开的总体组第七次会议上讨论并通过的任务合同书签订原则与办法，签订工作分为化学药、中药、生物药、综合性大平台和企业相关平台、单元平台、企业孵化基地、关键技术等7个小组同时进行。所有任务合同书经专项实施管理办公室工作人员形式审查合格后，由总体组责任专家负责技术把关，审核任务合同书中的研究内容、课题目标、考核指标等内容是否与课题申请书一致，对提出调整目标和任务的课题，由责任专家与课题负责人共同商讨确认。研究内容、课题目标、考核指标与课题申请书一致的课题加盖专项实施管理办公室公章后返回课题负责人。