不过，我国内河水运的优势和潜力尚未充分发挥，存在高等级航道里程少，规模化、专业化港区不足，船舶船型标准化程度低，与铁路、公路等运输方式衔接不畅等问题。

　　2011年1月，国务院印发了《关于加快长江等内河水运发展的意见》，决定利用10年左右的时间，建成畅通、高效、平安、绿色的现代化内河水运体系。

　　交通运输部制定了内河水运发展“十二五”专项规划。规划要求：一是到2015年，即“十二五”末，力争全国内河高等级航道达标里程比“十一五”末增加3000公里。二是港口吞吐能力增加13亿吨，并提高港区的规范化、规模化、现代化、专业化。三是船舶平均吨位提高67%。即从“十一五”末的全国内河船舶平均吨位450吨，提高到“十二五”末的船舶平均吨位800吨左右。四是单位运输成本较2010年降低10%。

　　目前，我国内河港口生产运营的码头泊位有2.6万个。鉴于岸线是不可再生资源，“十二五”期间交通运输部将加强港口规划实施监督，严格岸线使用审批，鼓励公共码头发展，提高岸线、土地等资源的利用效率。尤其在岸线审批上，真正做到“深水深用，浅水浅用”，真正实现港口资源的优化整合，以总体上满足国民经济和区域经济发展的需要。

　　此外，为推动内河水运建设，交通运输部还将加快推动《航道法》立法进程，完善省部际协调机制。交通运输部新闻发言人何建中介绍：“目前在长江沿线，已经有比较完善的关于黄金(1432.80,-2.10,-0.15%)水道建设的部省际间的协调和协商机制，‘十二五’期间将进一步完善和推进。”

　　为了构建绿色内河水运体系，交通运输部将严格执行和逐步提高船舶排放标准，鼓励老旧运输船舶和单壳油轮提前报废更新，加速淘汰高耗能、高污染、低性能船舶。2013年1月1日起，禁止生活污水排放达不到规范要求的客船、载货汽车滚装船和单壳油船、单壳化学品船进入三峡库区。